В чемпионате Республики Казахстан среди клубов Премьер-Лиги 2013 года принимают участие 12 команд. Чемпионат проводится в два этапа. На первом этапе команды встречаются друг с другом дважды – на своем поле и поле соперника.  

По итогам первого этапа команды делятся на две группы по шесть команд. Команды, занявшие по итогам первого этапа места с 1 по 6, на втором этапе разыгрывают места с 1 по 6. Команды, занявшие по итогам первого этапа места с 7 по 12, на втором этапе разыгрывают места с 7 по 12.  

На втором этапе команды каждой группы (1-6 и 7-12 места) играют друг с другом дважды – на своем поле и поле соперника. Второй этап команды начинают с половиной очков, набранных на первом этапе. В случае, если команда набрала на первом этапе нечетное количество очков, то округление при делении производится в большую сторону.  

За победу команда получает три очка, за ничью – одно, за поражение очки не начисляются.  

Команда, занявшая в итоговой таблице чемпионата 12 место, выбывает в Первую лигу. Команда, занявшая 11 место, оспаривает свое право на участие в Премьер-Лиге-2014 в переходном матче со второй командой Первой лиги.